В модуле есть возможность выбирать с какой стоимостью заказы будут попадать в модуль: полная или с учетом скидочных баллов (баллы Яндекса и Мегамаркета).
Регулируется это в настройках модуля. Для этого переходим в E-commerce -> Настройки модуля
Выбираем нужный маркетплейс: Яндекс или Мегамаркет и настройку Полная стоимость заказа
При установке значения Да заказы в модуль будут приходить с полной стоимостью без учета скидочных баллов. Если установить значение Нет, то из стоимости заказов автоматически будут вычитаться бонусные баллы.